Yogyakarta State University (เดิมชื่อ IKIP Yogyakarta หรือ Yogyakarta Institute of Teacher Education and Educational Sciences) ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 21 พฤษภาคม 2507 ในอดีต IKIP Yogyakarta เป็นการรวมสถาบันการศึกษา 2 แห่ง ได้แก่ คณะครุศาสตร์ของมหาวิทยาลัย Gadjah Mada และสถาบันครู การศึกษา. สถาบันทั้งสองนี้เปิดสอนหลักสูตรการศึกษาด้านวิทยาศาสตร์การศึกษาและการศึกษาของครู การควบรวมกิจการนั้นอยู่ภายใต้อาณัติของประธานาธิบดีแห่งสาธารณรัฐอินโดนีเซียหมายเลข I / 1963
ประมาณสามสิบหกปีต่อมาในวันที่ 4 สิงหาคม 2542 ประธานาธิบดีแห่งสาธารณรัฐอินโดนีเซียโดยคำสั่งประธานาธิบดีฉบับที่ 93/1999 ได้ประกาศอย่างเป็นทางการว่า IKIP Yogyakarta ถูกเปลี่ยนเป็น Yogyakarta State University (เรียกโดยย่อว่า YSU) โดยมีอำนาจหน้าที่กว้างขึ้น มหาวิทยาลัยแห่งนี้ยังเปิดสอนหลักสูตรการศึกษาที่ไม่ใช่การศึกษาอย่างถูกต้องตามกฎหมาย การเปลี่ยน IKIP Yogyakarta เป็นมหาวิทยาลัยขึ้นอยู่กับข้อควรพิจารณาบางประการ
หนึ่งในนั้นคือข้อสังเกตว่าโครงสร้างองค์กรของสถาบันการศึกษาไม่เพียงพอที่จะรองรับการพัฒนาทางวิทยาศาสตร์และจำนวนผู้สำเร็จการศึกษาจาก IKIP Yogyakarta ที่เข้าสู่สาขาที่ไม่ใช่การสอนก็เพิ่มขึ้นเช่นกัน ในการดำเนินการตามคำสั่งที่กว้างขึ้น YSU ได้เปิดสอนหลักสูตรการศึกษาที่ไม่ใช่การศึกษาจำนวน 12 หลักสูตรในระดับปริญญาตรีและระดับอนุปริญญาตรีสามปีในคณะต่อไปนี้: คณะภาษาและศิลปศึกษาคณะคณิตศาสตร์และการศึกษาวิทยาศาสตร์ธรรมชาติและ คณะวิศวกรรมศาสตร์และอาชีวศึกษา. โปรแกรมการศึกษาที่ไม่ใช่การศึกษารวมถึงหลักสูตรที่เปิดสอนในคณะวิทยาศาสตร์การกีฬาและคณะเศรษฐศาสตร์